Az Esmeraldának a portugál tengerész és felfedező egyik nagybátyja, Vicente Sodré volt a parancsnoka. A legénységgel együtt odaveszett, amikor a hajó 1503 májusában elsüllyedt egy erős viharban az Indiai-óceánon elterülő Hallanija sziget közelében.
A hajóroncsokat felkutató Blue Water Recoveries brit vállalat és az ománi örökségvédelmi és kulturális minisztérium emberei 2013-ban kezdték feltárni a sziget egy öbölszegletét. Később megállapították, hogy a területen talált roncsok a régóta keresett Esmeraldáról származnak, amely egyike a da Gama második indiai útján viharban eltűnt két hajónak. A tengerfenéken talált ágyúgolyók, kerámiák, egy harang és egyéb leletek között felfedeztek egy nagyon ritka ezüstérmét is (Indio), amelyből csupán egyetlen másik példány létezéséről tudnak a világon. Az érmék 1499-ben, da Gama első Indiába vezető útját követően készültek, ami segített a roncs korának meghatározásában.
